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| 帶型 | 原因分析 | 解決辦法 |
| 弱帶或無帶 | 上樣的DNA量不夠 | 增加DNA的上樣量，聚丙烯酰胺凝膠電泳比瓊脂糖電泳靈敏度稍高 |
| DNA降解 | 避免DNA的核酸酶污染 | |
| 電泳時間過長，DNA跑出 | 減短電泳時間，降低電壓，增強凝膠濃度 | |
| EB染色的DNA，紫外光源不合適 | 應用短波長（254nm），增強紫外燈靈敏度 | |
| DNA帶缺失 | 小DNA帶走出凝膠 | 減短電泳時間，降低電壓，增強凝膠濃度 |
| 分子大小相近的DNA帶不易分辨 | 增加電泳時間，核準正確的凝膠濃度 | |
| DNA 變性 | 電泳前請勿高溫加熱DNA鏈，以20mM NaCl Buffer稀釋DNA | |
| 巨大DNA鏈，凝膠電泳不合適 | 在脈沖凝膠電泳上分析 | |
| DNA帶模糊 | DNA降解 | 避免核酸酶污染 |
| DNA上樣量過多 | 減少凝膠中DNA上樣量 | |
| 所用電泳條件不合適 | 電泳時電壓不應超過20V/cm，溫度＜30℃,巨大DNA鏈，溫度應＜15℃，核查所用電泳緩沖液是否有足夠的緩沖能力 | |
| DNA樣含鹽過高 | 電泳前通過乙醇沉淀去除過多的鹽 | |
| 有蛋白污染 | 電泳前酚抽提去除蛋白 | |
| DNA變性 | 電泳前勿加熱，用20mM NaCl緩沖液稀釋DNA | |
| 不規(guī)則DNA帶遷移 | 對于λ/Hind III片段COS位點復性 | 電泳前加熱DNA 65℃加熱5-10分鐘，然后在冰上冷卻5分鐘 |
| 電泳條件不合適 | 電泳電壓不超過20V/cm，溫度＜30℃，電泳緩沖液有足夠的緩沖能力 | |
| DNA變性 | 以20mM NaCl Buffer稀釋DNA，電泳前勿加熱 |
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