中小型全自動高溫殺菌鍋首先是將上罐注滿水，升溫到溫度，達到一定溫度后將上罐的熱水打入下罐，下罐已裝入產品，熱水遇產品溫度會降低，然后再將殺菌水升溫到殺菌溫度，到達一定溫度后開始保溫，也就是常說的殺菌狀態(tài)，一般二十分鐘左右，殺菌結束后熱水回收到上罐，然后進涼水降溫，二次降溫，排掉降溫水，出產品。雙層殺菌鍋上罐可以有效存儲熱水，同時上罐還具有保溫左右，有效節(jié)約蒸汽，節(jié)約成本，縮短殺菌時間，熱穿透速度快，熱分布均一，產品容易控制，使殺菌更科學。

用簡單的術語，殺菌鍋是一只密閉的、加壓的加熱器，用于加熱密封在容器內的食品。對密封包裝在容器內需商業(yè)無菌殺菌的食品，可以使用多種不同的殺菌鍋系統(tǒng)。殺菌鍋系統(tǒng)有著一些相同的特性:

系統(tǒng)是加壓的，傳遞溫度大大高于沸水。

系統(tǒng)使用某種介質(稱為加熱介質或殺菌介質)作為向產品傳遞熱量的工具。用于鍋內的介質包括純蒸汽、熱水(容器全部浸沒在水中、水噴霧或水噴淋)和蒸汽/空氣混合物。